目前，制藥行業生產的藥物尤其是有機合成藥物品種繁多，需采用多種原料經過不同的合成路線加以制備，因此，產生的有機污染物種類多且嚴重超標，對大多數制藥企業來說，制藥廢水處理是一個難題。
   制藥廢水是一種較難處理的工業廢水。COD值高且波動性大，廢水的B/C值差異較大，可生化性差，色度深，毒性大，并且出于其行業的特殊性，諸如生產抗生素的廢水，難以被微生物降解，給廢水的生化處理帶來了很大的難度，成為了制藥企業除生產之外的頭等大事。因而必須進行有效且經濟的預處理，提高廢水的可生化性。此外，制藥廢水如不加處理而直接并入綜合污水處理系統進行處理，廢水中的抗生素等成分有可能抑制對廢水處理有益的微生物的生產，破壞廢水生化處理系統的良好運行，甚至會使這些物質在系統中“短路”而直接進入水環境，危害地表水的水生生態系統，進而影響動植物和人類。因此，制藥廢水的處理成為環境保護中的一件大事。
   制藥廢水具有COD值高且波動性大，可生化性差，毒性大等特點，直接采用生化方法處理制藥廢水效果欠佳，因而必須對其進行預處理，降低廢水對微生物的毒性，提高廢水的可生化性，使其適于生化處理。
   制藥廢水的共性是有機污染物濃度較高，大都選用以生化法為主的處理技術，這些技術主要有普通活性污泥法、深井曝氣法、SBR法(序批式間歇活性污泥法)、厭氧生物活性炭硫化床工藝(AFBGAC)、水解—好氧生物處理技術、生物接觸氧化法、優勢菌株生物膜法、光合細菌處理法(PSB)、固體化微生物法、生物活性炭法等，目前這些生化處理方法都已經比較成熟，在制藥廢水處理中都有不同程度的運用，對實際制藥工業廢水的處理可按產品及工藝的不同，選用合適方法處理工藝，并結合其他的處理方法，這里不作詳述。

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